玩家操作一位神奇宝贝训练家游历丰缘地方、战胜八位道馆训练家并挑战四天王及冠军。主角借助神奇宝贝球收服神奇宝贝，并用收服的神奇宝贝与他人对战。除保留了红蓝宝石版中新引入的神奇宝贝外，绿宝石版还包含了《口袋妖怪 金·银》中的部分神奇宝贝。绿宝石版引入了烈空坐的剧情，并加入了通关后的对战开拓区。
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